在傳統代謝組學（包括脂質組學，下同）的研究范式中，非靶向代謝組學旨在利用高分辨質譜獲得樣本完整代謝輪廓，提供小分子代謝物的廣闊視野；靶向代謝組學主要運用三重四極桿質譜，實現關注代謝物的精準定量。隨著大規模樣本分析需求的擴大，研究者開始尋求代謝組非靶向分析的高覆蓋度和靶向分析高精準度之間的平衡，開創了大規模代謝組學技術（包括廣泛靶向和擬靶向代謝組學，本文不做區分）。

大規模代謝組學關注生物體千余種核心代謝物，直接在三重四極桿質譜平臺利用選擇反應監測(SRM)或多反應監測(MRM)模式采集樣本，在確保代謝物覆蓋度的同時，可以顯著提高低豐度代謝物的檢測靈敏度和特異性，告別非靶向分析中海量信息處理的困擾，提供代謝物檢測更寬的動態范圍、更穩健的數據重現性和相對定量準確性，為大規模樣本分析提供堅實可靠的數據基礎。然而，受制于三重四極桿質譜掃描速度的限制，通常每個代謝物只能保留1~2個子離子以確保代謝物分析通量，從而降低代謝物鑒定的可靠性。

Thermo Scientific™ Stellar™質譜融合了Orbitrap Ascend™上雙曲面分段四極桿、雙壓線性離子阱，以及Orbitrap Astral™上PMT檢測器，實現了線性離子阱質譜的掃描速度。它開創性地將平行反應監測 (Parallel Reaction Monitoring, PRM) 模式從Orbitrap儀器運用到離子阱質譜，實現了大規模代謝組學同步定性定量分析，讓代謝物鑒定準確性和定量可靠性可以兼得。

Thermo Scientific™ Stellar™ 質譜儀

01

Stellar MS 支持非靶向高分辨數據轉化，打通“發現-驗證”閉環

大規模代謝組學的經典策略之一是將高分辨質譜采集的DDA數據轉化為可供SRM模式驗證的scheduled MRM離子對，實現“發現-驗證”閉環。如今，這一工作流可以在Orbitrap高分辨質譜數據向Stellar PRM方法轉化中輕松實現，如圖1所示。Compound Discoverer™軟件和mzVault™ 軟件可以將高分辨質譜DDA模式鑒定出的代謝物轉化為Stellar™ 質譜兼容的PRM列表和二級質譜庫（.msp），從而被TraceFinder™ 或Skyline™軟件用于代謝物定性定量工作。Skyline™軟件PRM Conductor 功能支持自動優化scheduled PRM采集通道，降低共流出代謝物對掃描速度的影響。我們發現，相同血漿樣本在高分辨質譜全掃描結果和Stellar PRM分析結果具有的重現性（篩選三針重復進樣CV<30%的feature），說明Stellar 質譜可以對非靶發現的代謝標志物在大規模樣本水平進行驗證。

圖1 基于高分辨質譜的Stellar PRM大規模代謝組學方法開發流程和結果展示（點擊查看大圖）

02

Stellar MS支持三重四極桿方法快速轉移，實現同步定性定量

如果用戶既往已經在三重四極桿質譜平臺開發了擬靶向或廣泛靶向代謝組分析方法，Stellar™質譜同樣可以實現原有方法的快速轉移。在保留時間可高度重現的前提(相同液相系統)下，Stellar™質譜儀可以直接將SRM/MRM列表轉換為PRM方法；即使保留時間在不同色譜系統上無法重現，用戶也可直接在Stellar™儀器上通過采集混標快速建庫，更新化合物保留時間和二級譜圖。與傳統SRM/MRM方法不同的是，PRM模式提供了待測物完整的二級譜圖，無需以犧牲代謝物的分析通量為代價而增加額外的采集通道，即可實現代謝物同步定性定量，進一步增強代謝物鑒定信心。（圖2）

圖2. Stellar PRM對高分辨質譜采集到的代謝特征進行擬靶向分析（點擊查看大圖）

膽汁酸是膽固醇代謝的終產物，人體內初級膽汁酸可由腸道菌群轉化為生物活性更高的次級膽汁酸，在生物體內具有維持膽固醇平衡，調控糖脂代謝和炎癥反應等重要作用。我們將之前Thermo Scientific™ TSQ Altis™ 三重四極桿質譜儀上構建的膽汁酸定量方法，通過如圖3所示的流程快速轉移到Stellar™ MS上，實現了內源性33種膽汁酸進行了同步定性定量。

圖3. 膽汁酸SRM/MRM列表PRM方法轉移和同步定性定量（點擊查看大圖）

03

Stellar MS支持擬靶向脂質組學從頭開發，實現甘油三酯精確定量

脂質因具有可預測的保留時間和二級質譜，因此非常適合進行擬靶向分析。Skyline™軟件LipidCreator 功能可以生成脂質各種加合離子的二級質譜，直接用于擬靶向脂質組學方法的從頭開發。脂酰肉堿（Acylcarnitine, AcCar）是哺乳動物體內調節糖脂代謝平衡的關鍵物質之一，不僅可以幫助脂肪酸穿梭進入線粒體進行β氧化，還可以與參與糖代謝調控酮體生成。研究證實脂酰肉堿與多種代謝性疾病密切相關，目前已廣泛應用于新生兒遺傳代謝病的臨床診斷。脂酰肉堿具有特定碎片離子(m/z 144, m/z 85, m/z 60，以及特定脂肪酸鏈中性丟失) ，可以直接利用LipidCreator預測得到。應用Stellar PRM模式，我們在血漿和尿液中分別鑒定出207和340種酰基肉堿，如圖4所示。

圖4. Stellar PRM方法酰基肉堿鑒定情況

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04

Stellar MS支持多級質譜聯合掃描，實現異構體精確解析

脂質分析中，存在三條脂肪鏈的甘油三酯(TG)定量尤其存在挑戰。例如，使用SRM/MRM模式定量TG(50:4)時，無論利用哪條脂肪鏈的中性丟失，都只能確定其中一條脂肪鏈的構成，如使用FA16:0中性丟失碎片(m/z 573.7)定量只能證明該TG(50:4)存在FA16:0，但無法獲得其余兩條脂肪酸鏈的組成信息。而Stellar MS³可以精確定位TG的三條脂肪鏈組成，實現甘油三酯的準確定量（圖5）。

圖5. Stellar tMS³方法精確定量甘油三酯

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Stellar質譜無需單獨設置MS³方法，即可直接與PRM模式并行用于代謝物定性定量，極大提升方法的靈活性。除對甘油三酯定量外，MS³還可用于同分異構體的準確定量，如膽汁酸家族中的甘氨鵝脫氧膽酸 (GCDCA) 和甘氨脫氧膽酸 (GDCA), 可以在PRM定量同時，增加MS³通道提升其定量靈敏度和鑒定準確度（圖6）。

圖6. Stellar tMS³準確定量膽汁酸同分異構體

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大規模代謝組學技術突破了傳統非靶向代謝組學數據冗雜和靶向分析覆蓋度低的局限，一次實驗可以獲得上千種代謝物的全面篩查，同時獲得比肩靶向分析的高靈敏度和高重現性。Thermo Scientific™ Stellar™質譜的問世，標志著大規模代謝組學分析技術的一次革命性飛躍，它結合了四極桿質譜出色的定量以及雙壓線性離子阱強大的定性能力，加速科研向臨床轉化的速度，極大推動代謝組學在臨床隊列研究、個性化營養代謝圖譜繪制等大規模樣本分析的應用場景，以更精準的數據揭示生命代謝的深邃奧秘。